晶码战士第二部全集侵略者ムゲ・ゾルバドス軍の攻撃により、地球は壊滅的な打撃を受けた。だが、ロス・イゴール長官と葉月博士が密かにイーグルファイターら4体の「獣戦機」を完成、藤原忍ら4人を召集し「獣戦機隊」を編成。これに対抗する。